Sezonul 3 din Code Lyoko are 13 episoade și a avut premiera pe 9 septembrie 2006. Momentan nu se cunoaște nicio opțiune legală pentru Code Lyoko în România. Revino mai târziu sau schimbă țara.
La începutul sezonului al treilea, XANA a evadat din supercomputer și urmărește să distrugă Lyoko, pentru ca Războinicii să nu-i poată zădărnici planurile malefice.
